在中国北方某座海滨城市，段海涛与常茉莉经营着一家西餐厅，过着简单而平静的生活。
　　茉莉生日那天，海涛为了给她庆贺生日，带着茉莉去游玩、购物、看电影。
　　正是一场电影《菲利普斯船长》打破了二人平静的生活。
　　电影《菲利普斯船长》讲述的是一位美国船长在亚丁湾海域被索马里海盗劫持，最终被美国海军成功救回的故事。
　　这场电影勾起了段海涛对一段往事沉痛的回忆，也正是这场电影让他冲破了在心理上束缚多年的无形枷锁。以至于他在与茉莉的婚礼上宣布自己要来一场远足旅行，写完一个铅封已久的故事。而这本书是为了完成他曾经的承诺，为了完成他对一个人的承诺，也为了抹去他对一个人的愧疚……
　　段海涛决心在在旅行中去写完五年前一个未完成的小说，与其说他现在是写小说不如说他是在写自己的回忆录。小说中的故事要从他五年前首次登上远洋巨轮“长城号”开始。
　　与段海涛一起登轮的还有另外两位主人公。一位老船长常万年,也就是常茉莉的父亲，另一位海事大学刚毕业的实习生杨帆。
　　“长城号”搭载着三人对航海不同的希冀与愿景启航。
　　这是常万年作为远洋船长的首航，也是他航海生涯的末行。他想要出色的完成这次航行，不管这次航程中等待他的是风平浪静还是恶浪滔天，他都会以一名远洋船长的睿智与果敢为自己的航海生涯画上圆满的句号。
　　段海涛自幼受父亲远洋船员工作的熏陶，打小就对航海有着一种不可言喻的情怀，再加上他在写作方面天赋异禀，中学时期便获得全市中学生作文一等奖。他想亲身经历过航海之后写一部航海题材的长篇小说，用文学来诠释航海的神秘与瑰丽。家境较为殷实的他在财经大学毕业后又专攻了航海技术专业，并成功取得了远洋船舶驾驶员的适任证书。这是他作为实习生第一次登上“长城号”。
　　实习生杨帆之所以选择航海是因为家境贫寒，他希望用船员的可观收入早日撑起这个家。杨帆的父亲在他十五岁那年因为一场车祸而瘫痪卧床，母亲一个人挑起家里的重担，拉扯着杨帆兄妹俩。妹妹因家境贫寒，再加上农村“儿要成事，女要嫁人”的传统观念的影响，便早早辍学务工务农来资助杨帆上学。
　　然而事与愿违。
　　段海涛自打上船后每日面对的都是敲绣、油漆、洗舱、洗甲板之类的脏活累活。加上一个“逗逼”水手张响得知海涛来船上工作是为了写一本航海题材的小说，张响每天不是冷嘲就是热讽。一开始，段海涛对这些繁重的劳作与张响的冷嘲热讽甘之如饴。三个月过去了，段海涛每天都是重复着船上最基本的保养工作，甚至连他想要进驾驶台真实体验一下都不允许，后来他被告知这一切都是船长常万年吩咐下来的。段海涛终于忍不下去了，他不顾众人的阻拦冲进船长房间想要问个究竟。
　　船长常万年面对海涛的冲动为他讲了一个故事：若干年前的一场海难，两个年轻人穿着救生衣抱着一根木头在海上漂泊了两天两夜。之后被渔船救起，那两名年轻人不仅没有被海难吓怕，反而他俩立志都要做到船长来圆满自己的航海生涯……
　　听完这个故事后，段海涛犹如遭到晴天霹雳。他终于明白为什么自己的父亲和常万年的交情如同手足。同时他也知道了常万年腰疾就是这场海难中落下的。但让他更为震惊的是父亲与常万年经历那场海难后，谁都没有跟自己的家人提起过只言片语。只是将那场劫后重生的海难深埋在各自心底。
　　段海涛瞬间明白了常万年的良苦用心与自己的浅薄无知。“远航”二字的厚重不是那些稚嫩肤浅的文字所能形容的。“海魂”二字是用生命做代价来诠释的。
　　段海涛的父亲段明奇在十年前就做到了远洋船长，现任“长城号”所属远洋公司的船员部总经理，而常万年是海军通讯兵退伍后到商船上做了报务员。随着航海科学技术的发展与海事政策的调整，商船上的报务员被取消，已近不惑之年的常万年又重新考取了远洋驾驶员的适任证书，一步步升任船长时已是年近花甲的高龄。
　　段海涛痛定思痛，自己对航海有了全新的认识与态度。
　　“长城号”在北大西洋上遭遇大风浪时，为了关闭船首的水密门而保障船舶安全时，段海涛面对大风浪表现得英勇无畏、胆识过人。“长城号”在途径亚丁湾海域时，与索马里海盗的斗争中，海涛表现的机智勇敢，为中国护航海军前来营救争取了宝贵时间。
　　与此同时，海涛与实习生杨帆的关系也在慢慢升华。段海涛从一开始对杨帆的厌烦变得现在对他赞赏与钦佩。因为杨帆自上船后一直对大副吩咐下来的工作都是任劳任怨，不管是脏活累活从来没有抱怨过一句。
　　一次靠泊中船头带缆时，段海涛的腿被缆绳缠住。千钧一发之际，杨帆不顾个人安危帮海涛脱险。俩人从此成为无所不谈的好朋友。段海涛说他如果不做船员，最想开一家西餐厅，因为他喜欢咖啡和阅读。杨帆说如果海涛把那本航海题材小说写完要第一个给他看……
　　故事到这里并没有结束。
　　段海涛与杨帆上船后第五个月，“长城号”在欧洲靠港期间，杨帆得知父亲因病情加重而离世的噩耗。但此时他在地球的另一端，他因不能给父亲守丧甚至是见父亲最后一面而悲痛不已。
　　水手长正是在此次靠港期间，时差的原因，他在给当时为半夜的家中打电话时，出乎意料的是一个男人在睡意朦胧中接听了他妻子的电话，继而他在电话中听到妻子与那个男人争吵的声音。无意中发现自己的妻子出轨让他气愤难平。
　　“长城号”开航后杨帆与水手长在甲板上干活时因为各自心中的苦闷而大打出手。
　　事后，船长与大副了解到情况后，在全体船员会议上对二人进行安抚工作。
　　也正是水手长的事件勾起了常万年一段屈辱的回忆。当年常万年在那场海难中得救后，回到家时撞见自己的妻子与他人通奸。与海难相比，妻子的出轨对常万年来说更是痛不欲生。但他没有打骂自己的妻子，只是将这段屈辱深埋心底。
　　“长城号”在国外漂泊九个月后，最后一个航次是从印尼装货回国，长城号从印尼开出来后在中国南海与一场威力较弱的台风不期而遇。
　　故事的高潮部分也在此展开。
　　台风没有对“长城号”造成多大的威胁，但不幸的是“长城号”在与台风的抗衡中失去了动力。而作为一船之长的常万年盲目自信，相信轮机员一定能让船舶迅速恢复动力。再加上他想让自己的航海生涯完美收官，以至于错过了最佳弃船时机而导致若干名海员不幸罹难。
　　巧合的是常万年这次遇难的地方便是他与段明奇当年遭遇海难的地方。
　　常万年幸免于这场海难，但他在弃船过程中被重物击中腰部，导致双腿瘫痪。冥冥之中似乎一切都是定数，多年以前的那场海难，常万年在这片海域落下腰疾。而这次海难，同一片海域让常万年腰部以下失去了知觉。
　　不但如此，当他在医院醒来时，等待他的是海事法庭的审判。妻子李素娥面对饱经沧桑的常万年以泪洗面，她在常万年的病床前说不管怎样她都会把常万年照顾好，来弥补自己年轻时对他犯下的错。
　　另外两位主人公段海涛与杨帆在弃船时由于慌乱与主队人员走散。两人错过了救生艇，不得已只能释放气胀式救生筏逃生。在释放救生筏过程中船体剧烈摇晃让段海涛处于危险之地，杨帆因为救段海涛而头部被重物击中。杨帆奄奄一息弥留之际托付段海涛若能得救，替他去祭拜自己的父亲。
　　气胀式救生筏在海上没有任何航行动力，段海涛也没有任何通讯设备，他独自一人在茫茫大海上漂泊。
　　段海涛的父母信念坚定，不抛弃不放弃。最终找到了海涛。
　　段海涛虽然被救回。得知常万年双腿瘫痪，还要面对海事法庭的判决，再加上亲眼目睹了这场海难，杨帆的遇难等。这一系列的沉重打击让他精神涣散、恍惚度日。
　　是茉莉对海涛的悉心照料与陪同让他重新面对生活，而茉莉西餐厅便是他最好的疗伤地。
　　因为这里只有茉莉温婉可人的笑容与沁人心脾的咖啡飘香。这里没有好望角的狂风恶浪，更没有索马里海盗的面目狰狞。
　　故事的终点回到故事的起点，段海涛在远行中完成并出版了那本小说，祭拜了杨帆的父亲，最终在豪华邮轮上将他那本小说抛向长城号遇难的海域，来兑现他对杨帆的承诺。